Ombudets begrunnelse for å skille stat og kirke er tredelt. Spørsmål om religion og livssyn er et personlig spørsmål for den enkelte. Det er opp til hver enkelt å ta stilling til de ulike religioner og livssyn, og vurdere hva han eller hun tror på. I et slikt perspektiv er det umulig å opprettholde en ordning der en bestemt religion er statens religion. Staten kan per definisjon ikke ha noen religiøs overbevisning. Et annet viktig poeng er at staten skal ivareta interessene til alle sine innbyggere, også de som tilhører andre tros- og livssynssamfunn og de som ikke tilhører noe slikt samfunn. Til sist påpeker ombudet at statskirkeordningen også kan ses på som en krenkelse av Den norske Kirke.

Offentlig finansiering
Ombudet foreslår en utredning av hvilke krav til ikke-diskriminering det offentlige kan stille i forbindelse med offentlig finansiering av skole- og velferdstilbud som drives i regi av trossamfunnene. Det gjelder eksempelvis drift av skoler, sykehjem, barnehager mv, som supplerer eller trer i stedet for offentlige tjenestetilbud. Ombudet understreker at trossamfunnene må stå fritt til å praktisere sin religion som de ønsker. Den forskjellsbehandlingen av kvinner og homofile som skjer som en del av trossamfunnenes utøvelse av religionen, vil normalt være omfattet av unntaksbestemmelser i diskrimineringslovene, slik at det juridisk sett ikke foreligger ulovlig diskriminering. Vi mener likevel at staten med utgangspunkt i sitt verdigrunnlag må kunne vurdere hva slags virksomhet som skal motta offentlig støtte. For eksempel ville vel de fleste være enig i at et uttalt rasistisk trossamfunn ikke burde få statsstøtte. Det er etter vår mening ikke åpenbart at kvinnediskriminerende og homofiendtlige trossamfunn bør behandles på en annen måte når det gjelder overføring av offentlige midler til ordinær servicevirksomhet, heter det i høringssvaret. Servicevirksomhet som tros- og livssynssamfunnene selv finansierer kan åpenbart ikke undergis tilsvarende offentlig kontroll. Ombudet har ikke konkludert når det gjelder hvordan slike krav eventuelt skal kunne stilles, men etterlyser en prinsipiell debatt om og utredning av spørsmålet.

Ny Grunnlovsbestemmelse
Ombudet er skeptisk til flertallets forslag om en ny bestemmelse som fastslår at statens verdigrunnlag er den kristne og humanistiske arv. Ombudet foreslår at det utformes en ny verdibestemmelse som slår fast at Norge er en rettsstat som bygger på demokrati og menneskerettigheter. Ombudet er også imot at statens ansvar for å føre en aktivt støttende tros- og livssynspolitikk grunnlovsfestes.

Forholdet til likestillingsloven
Likestillingsloven har i dag unntak for indre forhold i trossamfunn. Ifølge ombudet har spørsmålet om statskirke ingen betydning for dette spørsmålet. I høringssvaret påpeker ombudet at det som betyr noe er om trossamfunnet har religiøse grunner for å forskjellsbehandle kvinner og menn. Hvis religionsutøvelsen i Den katolske kirke, Det mosaiske trossamfunn og de islamske trossamfunn forutsetter forskjellsbehandling av kjønnene i større utstrekning enn det som er tilfelle i Den norske kirke - så har disse trossamfunnene også en større adgang til å påberope seg unntaket i loven. Hovedpoenget er at det er det enkelte trossamfunns ”religiøse behov” for å forskjellsbehandle kvinner og menn som avgjør rekkevidden av unntaket i likestillingsloven, ikke hvordan trossamfunnet er organisert.